최근 발표된 제주도 고교체제 개편 최종안이 평준화지역 일반고 확대에 초점이 맞춰지면서 농어촌 지역의 고등학교를 위기로 몰아넣을 수 있다 지적을 받고 있다.
 

더구나 대대적인 수정·보완작업 없이 용역결과에 따라 고교체제 개편을 추진할 경우 평준화 지역 일반고 역시 하향평준화가 되면서 경쟁력을 떨어뜨릴 것으로 우려된다.

고교개편안의 핵심은 제주시 평준화지역(동지역)내 일반고의 정원을 학교신설 또는 특성화고 전환방식으로 늘리는 반면 읍면지역 일반고 등은 학생수를 줄이는 대신 농어촌 거점학교 육성과 예술·체육 중점학교 등으로 특화하는 것이다.

하지만 평준화지역내 일반고 정원을 확대할 경우 합격선은 낮아지면서 학생능력 수준이 떨어질 수밖에 없고, 결국 '하향평준화'에 따른 경쟁력 상실이 우려된다. 

학부모나 학생들이 신설된 일반고로의 진학을 기피할 경우 또 다른 갈등과 부작용이 클 것으로 보인다.

그 외 특성화고를 일반고로 전환할 경우 도민사회의 부정적 인식이 많은데다 특정학교에 대한 특혜시비 및 형평성 논란도 발생할 것으로 전망된다.

또한 점차 중학생이 감소하는 상황에서 평준화 지역 일반고 학생수를 늘리고 읍면지역 고교의 학생수를 줄이면 학생확보난이 더욱 가중될 수밖에 없는 상황이다.  

상대적으로 생활형편이 어려운 농어촌 지역 특성상 교육비용이 많이 필요한 예체능고로 자녀를 보내기 힘들다는 현실적 문제도 있다.

일부 지역에서는 예술고 보다는 일반고로 존속·발전하는 방안을 원하고 있어 추진 과정에서 상당한 반발도 우려되고 있다.