화물선의 입·출항 신고 등에 대한 감독업무가 이원화, 효과적인 관리활동이 요원하다.

제주해양경찰서의 선박출·입항신고소는 어선에 한해 검문검색을 나서는가 하면, 제주·서귀항 등 개항장을 드나드는 화물선은 지방해양청이 입·출항신고 등을 받는다. 또 성산·한림항 등 연안항 출입 화물선에 대해선 자치단체가 제반 신고업무 등을 수행하고 있다.

이로인해 여객이나 선원 등 승선원 과적도 상대 선사 등의 고발이나 민원이 있고서야 해경 등에 통보, ‘사후약방문’격으로 단속·수사가 이뤄지는가 하면 화물 수송여부나 종류·상태에 대한 파악도 구체적이지 못한 실정이다.

실제로 제주항의 경우 하루 수십척씩 화물선이 드나들지만 제주해양청은 인력난 등을 이유로 제대로운 현장 검문활동에 나서지 못하고 있다.

이에따라 어선뿐 아니라 화물선을 통한 각종 범법행위가 우려되는 추세를 감안, 항만별로 분산된 관리주체를 어느정도 통일하거나 합동관리에 나서는 등 보완책 마련이 요구된다.
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