국민투표는 대통령, 국회의원, 시·도지사, 시·도의회 의원 선거 이외 중요한 사항에 관해 국민이 행하는 투표다. 국민이 직접투표에 참여해 중요한 사항을 결정하는 직접민주제의 한 형식이다. 현행 주민투표법은 주민에게 과도한 부담을 주거나 중대한 영향을 미치는 지방자치단체의 주요결정사항을 주민투표에 부칠 수 있도록 명시하고 있다. 행정자치부에 따르면 국내에서 주민투표가 처음으로 이뤄진 것은 지난 2005년 제주도 행정구역 개편에 관한 것이었다. 이어 청주·청원 통합(2005년), 중·저준위 방사성폐기물 처분시설 유치(2005년), 서울시 무상급식 지원범위에 관한 주민투표(2011년), 영주시 면사무소 이전 관련(2011년), 청원·청주 통합(2012년), 남해 화력발전소 유치동의서 제출(2012년) 등이 있다.

제주도는 지난 2005년 7월 27일 제주도, 제주시, 서귀포시, 북제주군, 남제주군 등 4개 시군을 통폐합하는 등 행정구역을 개편하기 위해 직접민주제인 주민투표를 했다. 제주시와 북제주군 및 서귀포시와 남제주군을 통합하는 '혁신안'이 선택됐다. 이로써 제주특별자치도는 현재 제주도와 행정시로 행정구역이 조정됐다. 그러나 행정시 출범 이후 행정처리 신속성은 쇠퇴하고 도지사 권한만 강화되면서 도민들은 시장을 직접 선출하겠다고 요구하고 있다.

제주특별자치도 행정체제개편위원회가 최근 행정시장 직선제를 주요 내용으로 하는 행정체제 개편안을 확정하고 제주도지사에게 제출했다. 그러나 개편안에 현행 2개 행정시를 제주시, 동제주시, 서제주시, 서귀포시 등 4개 행정시로 조정하는 방안도 포함돼 논란이 일고 있다.

제주특별자치도가 출범할 당시 주민투표를 통해 행정구조가 개편됐다. 하지만 이번엔 주민 스스로 행정구역을 선택할 기회가 논의조차 되지 않고 있다. 도민들은 특별자치도 시행 10년 동안 당초 기대와 달라 실망감을 드러내고 있다. 기초자치단체 부활이 현실적으로 어렵다면 행정시장이라도 주민 손으로 뽑을 수 있도록 해야 한다. 이후 행정권역을 조정하는 방안 또는 기초자치단체 부활 등에 대한 공론화 과정을 거쳐 주민투표를 통해 도민들이 선택할 수 있도록 해야 한다.