지방의료원의 적자에 대하여 박 전 대통령이 "착한 적자라는 말이 있는데 공공의료를 하다가 필요한 부분이면 정부가 지원하는 식으로 개선해 나갈 필요가 있다"라고 언급했었다. 착한 적자를 한마디로 정의하기는 어렵지만 이것은 '공익적 의료의 제공, 사회적 안전망의 유지, 중앙 및 지방정부의 정책 수행, 지역사회의 공익적 활동을 위한 어쩔 수 없이 발생하는 손실'로 볼 수 있다. 착한 적자는 환자에게 양질의 진료를 제공하기 위해 최대한의 노력을 전제하는 의료인 및 직원의 양심적, 주체적 의지를 포함하고 있으며, 수익성 보다는 환자의 입장에서 최선의 진료를 수행하려는 적극적 의지를 전제로 한다. '공공보건의료'란 공공보건의료에 관한 법률 제2조에 따르면 국가, 지방자치단체 및 보건의료기관이 지역·계층·분야에 관계없이 국민의 보편적인 의료 이용을 보장하고 건강을 보호·증진하는 모든 활동을 말한다고 규정되어 있다. 착한 적자와 공공의료와의 관계는 떼려야 뗄 수 없이 밀접하다. '착한 적자'에 대한 접근은 보건의료의 공익성, 공공성의 정의와 관련되어 있다. 

많은 지방의료원의 적자에는 여러 원인들이 혼재하고 있다. 그 중에는 상대적으로 낮은 수가가 적용되어 이로 인한 손실이 생긴다. 의료원은 의료급여 환자를 많이 진료함으로써 수가차이로 인하여, 그리고 공공병원이므로 정책적으로 MRI, CT, 초음파검사 등 비급여 수가에 대해 낮은 수가를 적용하고 있어서 이로 인한 손실이 발생하는 경우도 있다. 또, 공공의료사업은 의료원의 설립목적에 따른 필수적인 사업이지만 수익은 그다지 발생하지 않고 비용이 증가하여 결국 손실이 늘어나게 된다. 다른 원인으로는 상당수의 의료원들은 교통이 열악한 지역에 위치하여 전문의들은 대도시 지역보다 더 높은 급여를 지불하고 있는 실정이다. 

공공의료 사업은 대개가 정상적으로 운영하였을 때 흑자가 되지 못하는 사업을 말하고, 결과적으로 민간병원에서는 쉽사리 시행할 수 없는 사업들이다. 지역 거점 병원으로서 서귀포 의료원에서 현재 24시간 분만 산부인과, 응급센터, 심뇌혈관센터, 고압산소 치료센터, 음압격리병동, 공공의료기관 수탁 운영, 도서지역 무료 순회 진료 사업 등 공공의료 성격의 사업들을 맡아서 적극적으로 추진하고 있다. 그렇다고 의료원의 사업이 모두 적자라는 말은 아니고 종합적으로 적자인 셈이다. 

그렇다면 착한 적자는 어떻게 처리할 것인가.

현재는 국가와 지방자치단체에서 지원해주고 있다. 지방의료원은 지역거점 공공병원으로 양질의 2차 진료서비스 제공, 포괄적이고 공익적 보건의료서비스 제공을 기본적인 역할로 한다. 의료 서비스의 제공뿐 아니라 전염병 대처, 응급 및 재난 대비 의료안전망 기능과 함께 의료급여 환자 같은 의료취약계층의 진료도 담당한다. 의료원의 만성적인 적자를 해결하기 위해서는 내부적인 역량 강화가 우선되어야 하겠지만 시도 정책담당 부서, 보건복지부 및 중앙단위의 적극적인 관심과 지원 또한 강화되어야 할 것이다.