제주선박등록특구 운영에 따라 제주시와 서귀포시가 선원들의 주민세를 받아 연간 약 4억원의 수입을 올릴 것으로 예상된다. 국제선박이 제주시와 서귀포시에 최초 선박등록할 경우 선박가격의 0.02%에 해당하는 등록세 외에도 선원들의 소득세 10%에 달하는 주민세를 매달 받게 된다.

제주시와 서귀포시의 이같은 징수는 주민세를 선적항 지방자치단체에 내야하는 규정에 따른 것으로 선사들은 그 동안 부산, 인천, 울산 등지의 지자체에 납부했던 주민세를 제주도로 선적항을 이적함에 따라 납부하게 됐다.

현재 제주항과 서귀포항으로 선적항을 옮긴 대한민국 국적선은 215척으로 이들 선박에 근무중인 선원들은 척당 연간 170만∼200만원의 주민세를 내야하는 것으로 파악됐다.

이에 따라 대한민국 국적선 선원들이 납부할 주민세는 연간 약 4억3000만원이 될 것으로 예상된다.

한편 제주도에 등재된 국적취득조건부나용선(BBCHP) 144척의 선원들에 대한 주민세 납부여부는 현재 행정자치부에서 심의 중이고 만약 제주시와 서귀포시가 이들 선박 선원들에게 주민세를 받을 경우 약 2억8000만원의 수입을 추가하게 된다.
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