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제주선박특구 과점주주 취득세 분쟁 종지부
김경필 기자
입력 2020-02-16 (일) 13:29:31 | 승인 2020-02-16 (일) 13:35:04 | 최종수정 2020-02-16 (일) 13:34:58

대법원, 2억 상당 추징 제주시 승소 확정 판결
“법인과 별도로 납세의무”…법적 정당성 확보

제주선박특구 등록법인 과점주주에 대한 취득세 추징이 정당성을 확보하게 됐다.

선박특구 등록법인에 대한 취득세 경감규정을 과점주주에게는 적용할 수 없다는 대법원 확정 판결에 따른 것으로 관련 분쟁이 해소될 전망이다.

대법원 특별3부는 최근 J사가 제주시를 상대로 낸 취득세 등 부과처분 취소소송 상고심에서 제주시 승소 판결한 원심을 확정했다.

제주시 등에 따르면 A사는 2015년 8월 일본에서 건조된 9797t급 선박 1척을 취득한 후 선적항을 제주항으로 하는 국제선박으로 등록했다.

이어 A사는 구 조세특례제한법에 규정된 감경세율인 1000분의 20을 경감해 산출한 취득세 215만여원을 신고·납부했다.

그런데 같은달 J사가 A사의 발행주식 100%를 취득하자 제주시는 2017년 12월 과점주주가 된 J사에 취득세 1억7800여만원과 농어촌특별세 1600여만원 등 1억9400여만원을 부과했다.

이에 대해 J사는 “과점주주 방식으로 선박을 취득했더라도 취득세 감면규정이 적용돼야 한다”며 소송을 제기했지만 법원 판단은 달랐다.

재판부는 “과점주주에 대한 취득세 부과는 법인이 최초로 납부한 취득세와는 별개의 새로운 과세사실에 대한 것”이라며 “과점주주는 법인과 별도로 취득세 납부의무를 진다”고 밝혔다.

그러면서 “법인이 부동산 등을 취득하면서 취득세를 면제받았다고 하더라도 과점주주로 된 자의 취득세 납부의무도 면제되는 것은 아니”라고 설명했다.

재판부는 “구 조세특례제한법 조항은 국제선박으로 등록하기 위해 선박을 직접 취득하는 경우에 한정해 적용된다고 봐야 한다”며 “법인의 주식을 취득한 J사는 선박을 등록하는 자에 해당한다고 볼 수 없다”고 지적했다.

제주시 관계자는 “이번 판결로 법률상 세금 감면규정이 과점주주에게 동일하게 적용할 수 없음을 확인하게 됐다”며 “앞으로 세입 관리에 만전을 기하겠다”고 밝혔다. 김경필 기자

김경필 기자  kkp2032@hanmail.net

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