전국에서 유일하게 제주지역에서만 행정시가 있다. 다른 지역은 시·군·구 단위의 기초자치단체가 있지만 제주에서만 법인격이 없고, 기초의회도 없으며, 시장도 제주도지사가 임명하는 특이한 구조를 갖고 있다.

행정시장은 2006년 7월 1일 제주특별자치도가 출범하면서 기초자치단체였던 제주시와 서귀포시, 북제주군, 남제주군 등 4개 시·군이 폐지되고 법인격이 없는 특이한 형태로 등장했다. 당초 제주특별자치도 행정체제 개편 논의 당시 4개 시군을 없애고 광역도만 유지하는 방안이 거론되는 등 논의초기에는 구상에 없었던 행정시스템이다. 하지만 기초단체 폐지로 인한 주민들의 상실감과 반발을 무마시키기 위한 '정치적 선택'으로 만들어진 것이 행정시다. 대신 4개 자치단체에서 옛 제주시와 옛 북제주군을 통합하고, 옛 서귀포시와 옛 남제주군을 합쳐지면서 2개의 행정시 체제가 나온 것이다.

행정시의 수장인 '행정시장'은 법인격이 없기 때문에 주민들이 직접 선출하지 않는다. 제주도지사가 러닝메이트 또는 공모 등을 통해 임명하게 된다. 그동안 행정시장 권한이 '도청 국장만도 못하다'는 이야기가 나오기도 했다. 또한 행정출신이 아닌 외부출신이 행정시장을 맡을 경우에는 실세는 '부시장'이라는 비아냥 소리도 나왔다.  

행정시와 행정시장 체제는 완벽한 행정구조는 아니다. 행정체제개편 과정에서 임시방편적으로 나온 것이기에 항상 제도개선 요구가 나왔다. 최근까지도 행정시장 직선제 논의가 진행됐지만 흐지부지 상태다. 

민선 7기 후반기 제주시장과 서귀포시장에 대한 전국공모신청이 18일 마감됐으며, 모두 8명이 신청을 했다. 벌써부터 행정시장이 누가 유력하다는 이야기가 나오고 있다. 지금까지 행정시장 선출과정에서 시민의견과 도덕성, 능력 등을 반영하지 못했다는 지적을 받았다. 행정시장은 도지사의 측근들이 주를 이뤘다. 심지어 '선거를 도와준 사람' 아니면 '선거를 도와줄 사람'이 행정시장에 뽑힌다는 볼멘소리도 컸다. 비정상적인 행정시 체제와 행정시장 선출방법은 반드시 고쳐져야 한다. 그 이전까지는 시민을 위하고, 업무능력을 갖춘 인사가 행정시장에 임명돼야 한다.