제주특별자치도 출범후 제주시·서귀포시지역주민들이 느끼는 불편 중 하나가 행정시의 미약한 권한이다. 종전 4개 시장·군수가 가졌던 자치권이 도지사 1명에게 집중됨으로써 제주시·서귀포시 2개 행정시의 예산·권한 등 위상이 대폭 약화됐다. 도는 이에따라 특별자치도 출범후 행정시의 위상을 높이기 위해 여러차례 권한을 위임하는 개선책을 시행했다. 하지만 행정시에 배정된 예산이 특별자치도 출범후 감소해 권한 강화가 미흡한 실정이다.  

제주도가 지난 2007년 7월1일 발간한 특별자치도 추진백서는 행정시 권한·기능 강화 원칙을 제시했다. 하지만 특별자치도 출범후 도본청 예산 비율은 늘어난 반면 일선 행정서비스를 담당하는 2개 행정시는 감소했다. 제주행정시 예산은 2006년 통합 이전인 제주시와 북제주군 당시 제주도 전체 예산의 32.98%에서 2020년 29.68%로 3.3%포인트 줄었다. 서귀포행정시 역시 2006년 서귀포시·남제주군의 24.8%에서 2020년 17.03%로 7.25%포인트나 감소했다. 

행정시의 예산 비중 감소는 권한 약화로 이어지고 있다. 주민들의 행정서비스 제공에 필요한 예산을 확보하지 못한 결과 만족도 하락의 원인으로 꼽힌다. 더 나아가 주민자치 기능이 정체되거나 쇠퇴한다는 지적이 끊임 없이 제기되면서 '행정시 무용론'까지 제기될 정도다. 제주도가 행정시의 권한 강화를 실질적으로 뒷받침하기 위해서는 예산 배정액을 특별자치도 출범 이전 수준까지 상향해야 한다.