당시 금호고는 결승전에서 영등포공고를 승부차기 끝에 4-3으로 누르고 백록기를 품었다. 경기 내용도 극적이었다.

1994년 7월 24일 제주종합경기장 주경기장에서 열린 결승전에서 금호고는 전반 9분 영등포공고 김영호에게 선제골을 허용하며 끌려갔다.

당시 금호고는 주공격수 안재석이 경고누적으로 결장하며 좀처럼 공격의 활로를 뚫지 못했다.

경기장에 있는 모든 축구관계자와 팬들이 영등포공고의 우승을 생각하고 있는 후반 38분 기적 같은 골이 만들어진다. 후반 29분에 교체 투입된 1학년생 이연학이 동점골을 터뜨린 것.

결국 양 팀은 연장전에 승부차기에 돌입하게 된다. 금호고의 마지막 키커가 남은 상황에서 스코어는 3-3. 금호고의 마지막 키커 편무훈의 발을 떠난 공은 그대로 골문으로 빨려들어가며 대역전 드라마는 막을 내렸다. 

이로써 금호고는 1987년 체육부장관기 우승 이후 7년 만에 전국패권을 차지하는 영광을 누렸으며, 팀 통산 10번째 전국대회 우승의 위업도 달성했다.

금호고가 다시 백록기 정상에 서기까지는 꼬박 10년이라는 세월이 걸렸다.

2004년 제12회 대회에서 금호고는 결승전에서 한양공고를 연장 접전 끝에 1-0으로 누르고 우승을 차지했다.

이날 경기에서도 10년 전처럼 1학년생이 영웅으로 탄생했다. 연장 후반 4분 최수용 감독은 1년생 공격수 이승기를 투입했다. 이승기는 불과 1분 뒤 헤딩골로 팀의 우승을 이끌었다.

특히 2004년 제12회 대회 결승전은 전국 고교축구대회 역사상 처음으로 야간경기로 치러져 당시 큰 관심을 끌었다.

특히 대회 MVP로 뽑힌 금호고의 문대성은 제주출신이라는 점이 알려지면서 이목이 집중됐다. 문대성은 서귀초등학교에서 5학년까지 축구선수로 활약하다, 가족의 이사로 숭실중으로 진학했었다.

금호고는 제13회 대회에서도 우승에 도전했지만, 결승전에서 장훈고와 전·후반을 1-1로 비기고 승부차기에서 4-5로 아깝게 패하며 준우승에 그쳤다. 또 16회 대회에선 광양제철고의 벽에 막히며 정상 도전에 실패했다.

또 1995년 4회 대회에선 4강에 진출, 축구명문으로서의 자존심을 지켰다.