갑상샘은 갑상샘호르몬을 만들어 인체 장기의 활성을 조절한다. 그만큼 매우 중요한 내분비 장기이다. 다양한 질병도 함께 발생한다. 

갑상샘에 발생하는 질환은 크게 기능의 문제와 종양, 두 가지로 나눌 수 있다. 이를 다시 세분하면 기능의 문제는 호르몬이 과잉으로 생산돼 문제가 되는 갑상샘 기능항진증과 적게 생산돼 문제가 되는 기능저하증으로 나눌 수 있다. 종양은 크게 암으로 불리는 악성종양과 일반인들이 흔히 물혹이라 칭하는 양성종양으로 나눌 수 있다. 검진을 통해 갑상샘에서 발견하는 질환은 대략 위에 말한 네 가지 범주에 속한다. 기능의 이상은 약물치료를 시행한다. 그러나 종양으로 진단된 경우 우선 갑상샘 암 여부를 가려야 한다. 제일 흔하게 발견되는 종양은 갑상샘 낭종이다. 낭종은 속에 액체가 차있는 혹으로 진정 물혹이라 불릴만한 혹이다. 단순 낭종은 실제 암과 연관된 경우가 드물다. 그러나 고형혹 중간 부분이 괴사되면서 공동화돼 액체가 찬 경우라면 암과 연관된 경우도 있을 수 있다. 이런 경우는 남아 있는 고형부분에 대한 세포검사가 필요하다. 단순 낭종은 대부분 증상이 없다. 주로 검진 목적의 갑상샘 초음파 검사시 우연히 발견된다. 그러나 크기가 커져 외관상 보이는 경우도 있고 내부 출혈 등으로 갑자기 커지면서 통증이 있을 수도 있다. 

작은 경우, 치료를 요하지 않는다. 크기가 크거나 증상이 있을 경우, 주사기로 내용물을 빨아내는 치료를 한다. 간단한 치료방법이나 재발이 많다. 때로는 에탄올을 주입해 낭종을 경화시켜 재발을 방지하나 주위 회귀후두신경마비를 초래하는 등 합병증이 있을 수 있다. 

낭종은 가장 흔한 갑상샘 종양의 일종으로 암 관련성은 적다. 그러나 크기가 크고 자주 재발하면 수술로 낭종을 포함한 갑상샘 일부를 절제하는 수술적 치료가 필요할 수 있다.