포괄임금제는 근로시간 산정이 실제로 어려운 경우에 한하여 예외적으로 인정되는 임금지급방식이다. 또한 근로시간 산정이 어려운 경우에도 근로계약서에 포괄임금제에 대한 명시적 합의가 있어야 한다. 그러나 근로시간 산정이 어려운 경우라기보다는 계산편의, 초과근로 예정 등의 이유로 포괄임금 약정을 하면 포괄임금 약정은 유효하지 않다.

포괄임금 약정이 무효인 경우노동자의 임금 및 가산수당을 산정하기 위해서는 노동자의 실제 근로시간수 및 시간당 통상임금을 확정해야 한다. 만약 통상시급이 최저임금에 미달하면 당해년도 최저임금을 적용한다.

만약, 포괄임금 약정이 무효인 경우 사용자는 어떠한 법적 책임을 부담하는지 살펴보자.

우선 사용자는 노동자에게 법정기준에 미달하는 임금의 차액을 지급하여야 한다. 해당 금액을 지급하더라도, 사용자는 다음의 노동법 위반에 대한 법적책임을 부담한다. 근로기준법 제36조는 금품청산의무, 제43조는 전액불 지급의무, 제56조는 연장근로에 대한 가산수당 지급의무를 규정하고, 위반 시에는 벌칙에 처한다고 명시하고 있다. 문제 제기 이후 사용자가 노동자에게 미지급액을 지급하더라도 벌칙이 적용될 수 있다. 다만, 해당 규정은 반의사불벌죄이므로 노동자의 의사에 반하여 처벌하지 않는다. 최저임금법 제6조를 위반하여 최저임금액보다 적은 임금을 지급하면 벌칙이 적용된다. 정부는 2018년 최저임금을 인상하면서, 실효성 확보를 위해 최저임금 위반에 대하여 강력하게 사법처리한다는 입장이다.

향후 포괄임금 약정의 효력인정 여부와 관련하여 노사 간의 갈등이 예상된다. 특히 근로시간 측정이 가능한 업무임에도 불구하고 연장근로의 예정 없이 포괄임금에 연장수당 등이 포함되어 있다는 내용으로 포괄임금 약정을 하는 경우 사업주의 법적책임은 더 커질 수 있다.