주식을 취득하는 경우 세금이 발생하지 않는다고 생각하기 쉽다. 다만 비상장법인의 주식을 취득함으로 인해 법인의 과점주주가 되거나 기존 과점주주의 지분이 상승하는 경우 취득세 납세의무가 발생한다.

과점주주는 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인(친족관계, 주주이면서 경제적 연관관계가 있는 자 등)의 소유주식의 합계가 발행주식 총수의 절반을 초과하면서 권리를 실질적으로 행사하는 자들을 말한다.

취득세는 자산을 취득할 때 부과하는 세금으로, 금융자산은 원칙적으로 과세대상이 아니다. 하지만 과점주주가 되면 법인의 재산을 처분하거나 관리·운영할 수 있어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 다를 바 없다. 그러므로 소유주식비율만큼 자산을 취득한 것으로 간주해 취득세가 부과된다.

법인 설립시 발행하는 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 경우 취득으로 보지 않는다. 그러나 법인 설립시 과점주주인 자가 이후 주식을 추가로 취득한 경우 추가 취득분에 대해, 또는 법인 설립 시에는 과점주주가 아니었으나(45%) 추가로 주식을 취득(30%)해 과점주주가 된 경우에는 그 전체 지분(75%)에 대해서 취득세가 발생한다.

과점주주가 되면 취득일부터 60일 이내에 소재지 관할 시·군·구에 신고·납부해야 한다. 해당 기한 내에 하지 않으면 가산세 20%와 납부지연가산세가 추가로 부과된다.

따라서 비상장법인들은 매년 3월 법인세 신고시 위 사항을 반드시 확인해야 한다. 납세자들은 주식의 취득시 간주취득세 신고 의무 대상에 해당되지는 않는지 세무부서나 세무대리인 등과 반드시 확인하길 권고한다.