제주해안 곳곳에 들어선 양어장 300여 곳에서 쏟아지는 배출수가 하루에 약 2000만t이라고 한다. 

이 배출수 속에는 질소, 암모니아등이 다량 함류돼 있다고 한다. 이 배출수가 바닷속 생태계에도 큰 영향을 미치고 있다는 조사결과가 나왔다. 양식장에서 버리는 배출수 때문에 오염물질이 바다로 유출되고 있기 때문이다. 

한국해양과학기술원에서 발표한 자료에 따르면 양식장에서 200m 떨어진 곳에서 채취한 바닷물에서, 양식장이 없는 곳에서 채취한 바닷물보다, 질소는 최대 5배, 인은 2배, 암모니아는 최대 6배 이상 검출됐고, 포르말린 항생제 등도 검출됐다는 보고가 있다. 이 같은 성분이 지나치게 많으면, 백화현상과 파래 등 녹조류가 대량 번식하게된다.

또한, 제주보건환경연구원의 발표에 따르면 일반 하수처리장에서 나오는 배출수보다, 양어장에서 쏟아지는 배출수는 하수처리장보다 80배가 많은 2000만t에 육박하는 양이 배출되고 있다고 한다.

양식장 업계에서는 아무런 피해가 발생하지 않는다고 하지만, 어민들의 말은 다르다. 지역 어민들은 감태와 톳 등 소득자원인 해조류가 사라져 가고 있다고 하며, 모 어촌계장은 배출수 인근에는 전복등 종패를 뿌려도 자라지도 않고 사라져 버린다고 한다.

국민횟감으로 불리는 광어 등을 양식하는 양식장업계는 전기료금 사료값 등 생산원자재의 인상으로 큰 부담이 되겠지만 배출수 수질개선 문제에 좀더 많은 관심과 투자를 요구한다.